Como existem peculiaridades da atenção primária no raciocínio clínico e, consequentemente, na sua impressão como registro clínico, é natural que também haja peculiaridades na sua codificação, como expressão sumária do registro. Para isso, além da codificação diagnóstica, médico centrada, há uma classificação desenvolvida na APS para codificar o motivo da consulta, a avaliação diagnóstica e a tomada de conduta, não necessariamente ligada a fatores médicos ou atribuíveis a doença.