A principal diferença é que nas células procarióticas o material genético não é separado do citoplasma e nas eucarioticas o material genético presentes é organizado em cromossomos cercados por uma membrana que os separa do citoplasma.
Também, as céluas procarióticas não apresentam uma verdadeira organização nuclear, isto é, não apresentam um núcleo membranoso como os eucarióticas.
Nos procarióticas, a cadeia respiratória oxidativa ou o transporte de elétrons estão associados à membrana plasmática, enquanto que nos eucarioticas essa cadeia está presente nas mitocôndrias.
