Essa terminologia está relacionada com a taxonomia.
Foi necessário para os cientistas criar uma forma de classificar os seres vivos de forma a que qualquer cientista em todo mundo, fale o idioma que falar, perceba de que ser se trata. Assim, a taxonomia classifica os seres em grupos, do mais geral para o particular:
Reino, Filo, Classe, Ordem, Família, Género e Espécie
Assim, dentro dos reinos existem vários Filos e dentro destes várias classes e assim sucessivamente.
A cepa ou estirpe designa um grupo de seres descentes de um ancestral comum e que apresentam várias semelhanças morfológicas ou até fisiológicas. O exemplo mais conhecido são as várias estirpes da gripe.
Quanto aos microorganismos, depende. Os vírus não se enquadram na classificação pois não conseguem viver sem hospedeiro. Podemos sim identificar várias estirpes de vírus (H5N1, H1N1, etc.). Já as bactérias, algas unicelulares, fungos etc. podem ser classificados em reinos, filo....
