De forma resumida:
Confederação é a união de estados soberanos, que ao se unirem, não perdem sua soberania. Continuam tendo suas próprias leis, constituição, etc
Estado Unitário diz respeito a um Estado que é governado de forma homogênea, ou seja, há uma única constituição que o governa totalmente. Pode-se criar e extinguir unidades governamentais de menores portes.