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A diferença está nas células desses organismos. Eles são denominados dessa maneira porque o Procarionte tem células procarióticas, ou seja, que não têm um núcleo organizado envolto por uma membrana, que nesse caso é a Carioteca. O Eucarionte tem células eucarióticas, ou seja, que possuem um núcleo organizado e envolto pela Carioteca.