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As bactérias heterotróficas são conhecidas por serem, por vezes, parasíticas. Algumas delas também são responsáveis pelas reações de fermentação.
Normalmente, essas bactérias consomem matéria orgânica morta, mas existe também a chance de contaminação das águas por esses microrganismos, e ainda há possibilidade de contrair doenças por meio do consumo dessa água.
Exemplo: Vibrio cholerae, bactéria causadora do cólera.
As bactérias autotróficas não dependem do consumo de material orgânico para sua nutrição, apenas da presença de energia luminosa, já que os nutrientes desse tipo de bactéria são adquiridos por meio da fotossíntese.
Exemplo: bactérias pertencentes ao gênero Nitrosomonas sp.
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