ALINHAMENTO DE SEQUÊNCIAS NUCLEOTÍDICAS (DNA)

Os exercícios solicitados devem ser realizados utilizando como referência as sequências, em formato FASTA, indicadas abaixo:

>Amostra1

ACTTTTACCTCCTGCATTAACTTTACTATTAGTAAGTAGTATAGTAGAAAATGGAGCTGGAACAGGATGAACTGTTTACCCTCCCCTATCTTCTAAT

ATTGCTCACGGAGGAGCTTCTGTTGATTTAGCAATTTTTTCCTTACACCTAGCCGGAATCTCTTCAATTTTAGGAGCAGTAAATTTTATTACAACTG

TAATTA

>Amostra2

ACTTTTACCTCCTGCATTAACTTTATTATTAGTAAGTAGTATAGTAAAAAACGGAGCTGGAACAGGATGAACTGTTTACCCTCCTTTATCTTCTAAT

ATTGCTCACGGAGGAGCTTCAGTTGATCTAGCTATTTTCTCTCTTCATTTAGCCGGAATTTCATCAATTTTAGGAGCAGTAAATTTCATTACAACTG

TAATTA

>Amostra3

ACTTTTACCTCCTGCCTTAACTTTATTATTAGTAAGTAGTATAGTAGAAAACGGAGCTGGAACAGGATGAACTGTTTACCCTCCTTTATCTTCTAAT

ATTGCTCACGGAGGAGCTTCAGTTGATCTAGCTATTTTCTCTCTTCATTTAGCCGGAATTTCATCAATTTTAGGAGCAGTAAATTTCATTACAACTG

TAATTA

>Amostra4

ACTTTTACCTCCTGCATTAACTTTATTATTAGTAAGTAGTATAGTAGAAAATGGGGCTGGAACAGGATGAACTGTTTACCCACCTTTATCTTCTAAT

ATTGCTCATGGAGGAGCATCAGTTGATTTAGCTATTTTCTCTTTACATTTAGCAGGAATTTCTTCAATTTTAGGAGCTGTAAACTTCATTACAACTG

TAATTA

>Amostra5

ATTACTACCTCCTGCTTTAACATTATTGTTAGTAAGCAGTATAGTAGAAAAGGGAGCTGGTACAGGATGAACAGTTTACCCTCCTTTATCATCTAAT

ATTGCTCATGGAGGAGCTTCAGTAGATTTAGCTATTTTTTCTTTACATTTAGCTGGAATTTCTTCTATTTTAGGAGCTGTAAATTTTATTACAACTG

TAATTA

>Amostra6

ACTCTTACCTCCCTCTCTCCTACTCCTGCTCGCATCTGCTATAGTGGAGGCCGGAGCAGGAACAGGTTGAACAGTCTACCCTCCCTTAGCAGGGAAC

TACTCCCACCCTGGAGCCTCCGTAGACCTAACCATCTTCTCCTTACACCTAGCAGGTGTCTCCTCTATCTTAGGGGCCATCAATTTCATCACAACAA

TTATCA

Os alinhamentos devem ser realizados utilizando-se o programa ClustalO disponível “on-line” no site abaixo:

http://www.ebi.ac.uk/Tools/msa/clustalo/

Critérios do programa:

1) selecionar DNA em “Enter or paste a set of ____” ao invés de PROTEIN;

2) no quadro do STEP 1: “colar” as sequências que serão alinhadas (no formato FASTA incluindo o sinal > e o título da sequência);

3) No STEP 2: manter parâmetro “default”/padrão;

4) Clicar no botão SUBMIT no STEP 3 e aguardar a construção do alinhamento.

Procedimentos (não entregar os alinhamentos), apenas preencher a tabela com base na análise dos alinhamentos:

A. “Pairwise alignment” (alinhamento par-a-par):

1. Alinhe as seqüências 1 e 2;

2. Alinhe as seqüências 1 e 3;

3. Alinhe as seqüências 1 e 4;

4. Alinhe as seqüências 1 e 5;

5. Alinhe as sequências 1 e 6;

6. Alinhe as sequências 2 e 3 (2 e 3 = mesma espécie; indivíduos diferentes)

B. Alinhamento múltiplo (por curiosidade)

Alinhe de uma vez TODAS as sequências de 1 a 6.

Questão 1: Qualifique (como transição ou transversão) as divergências nucleotídicas identificadas nos alinhamentos par-a-par e quantifique a ocorrência de cada classe de substituição nucleotídica = transições e transversões (atenção: transversão = G ou A (purina) substituída por C ou T (pirimidina) ou vice-versa; transição = A substituída por G e C substituída por T, ou vice-versa – não muda de classe: purina por purina e pirimidina por pirimidina).

​