Na região a ser impactada por São Luiz do Tapajós, no médio curso do rio Tapajós, foram identificadas 352 espécies de peixes, mais do que existe no Pantanal matogrossense, famoso pela riqueza da ictiofauna e mais do que já foi identificado na Europa inteira. Mesmo assim, na lista de impactos da usina, apresentada ao Ibama no Estudo de Impacto Ambiental Relatório de Impacto sobre o Meio Ambiente (Eia-Rima), não consta nenhum impacto sobre os peixes, que são alimento para milhares de índios e ribeirinhos que vivem nas margens do rio. A omissão de maior parte dos impactos significativos nos Estudos é uma das principais críticas feitas por um grupo de nove cientistas brasileiros que, a pedido da organização não-governamental Greenpeace, analisaram o Eia-Rima