Em 1969, Whittaker (1924-1980) propõe um sistema de classificação em cinco reinos, estabelecendo um reino independente para os fungos, o reino Fungi. O novo sistema apresentado tinha subjacente três critérios principais:
nível de organização celular – diferencia as células procarióticas das eucarióticas e a unicelularidade da multicelularidade
modo de nutrição – modo como o organismo obtém o alimento
interacções nos ecossistemas – respeitante às relações alimentares que o organismo estabelece com os restantes organismos no ecossistema. Os organismos podem ser classificados em produtores, e consumidores (macro e microconsumidores).
