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A eletroforese não é considerada um método cromatográfico uma vez que a separação das espécies possui um mecanismo diferente daquele que ocorre nas separações cromatográficas. As moléculas submetidas a separação por eletroforese são separadas por:

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Carga

Carga e tamanho

Solubilidade e raio iônico

Tamanho

Carga e solubilidade