Gramaticamente,você está perguntando a mesma coisa.
A diferença é que o do/does é o padrão para a forma interrogativa do simple present.
Já o verbo to be(are),assim como o have,são utilizados antes do sujeito quando temos perguntas interrogativas negativas.
Ex:
Are you not ready? (= Aren't you ready?)
(Você não está pronto?)
Claro que existem exceções(Are you okay?),inclusive para o uso informal.Porém,o mais apropriado é utilizar o "Do".
