Na nova cidade, Martim Afonso instalou um pelourinho, uma igreja, uma câmara e engenhos para a manufatura do açúcar. Além do plantio da cana, desenvolveu-se também a agricultura de subsistência e a pecuária. A vila, por suas características geográficas, tornou-se um eficiente ponto de parada para o reabastecimento dos navios e para o tráfico de escravos índios.
De lá também saíram as primeiras expedições para o interior, inclusive a que fundou a cidade de São Paulo. O nome São Vicente, herdado da ilha onde a vila se localiza, foi dado pela expedição de Gaspar de Lemos, em 1502, em homenagem a São Vicente Mártir.
