Com o começo do projeto de ocupação efetiva do território do Brasil (que tem por início simbólico a instalação dos engenhos), muda o modo como os portugueses viam os povos nativos (até então seus parceiros comerciais nas atividades de escamo), que passam a ser perseguidos, sendo ou escravizados ou expulsos dos seus territórios.
Se inicia assim o longo período em que povos nativos ou desapareceriam de regiões, sendo incluídos no modelo de colonização com o intermédio da destruição da sua cultura, ou seriam expulsos para áreas cada vez mais distantes da colônia, começando a longa disputa entre "homens brancos" e povos originários, que tem reflexos até os dias de hoje.
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