Existe uma teoria de que os zooflagelados são ancestrais dos metazoários, os fatos que sustentam esta teoria, são: devida a presença de células monociliadas em metazoários inferiores, e também de coanócitos (colar de microvilos ao redor do flagelo). Dizem que seus ancestrais são os coanoflagelados. A teoria colonial, diz que o metazoário surgiu de um flagelado colonial, e seu estágio hipotético foi chamado de blastéia e se acredita que ele seja no caso o estágio blastular que ocorre no desenvolvimento de outros animais. A especialização das células desses metazoários se dão por diferenciação celular
