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As queijarias estavam distribuídas nas altitudes de 600 a 900m, 900 a 1000m e mais de 1000m. Observaram-se populações mais elevadas de bactérias acidolácticas nas amostras de queijo da altitude de 600 a 900m. Lactobacillus rhamnosus, Lactobacillus casei e Lactobacillus plantarum foram os principais microrganismos isolados e identificados por PCR ARDRA 16S-23S rDNA, além de Enterococcus spp., Lactococcus spp. e outras espécies de Lactobacillus.Sugere-se que as espécies pesquisadas estejam bem adaptadas ao ambiente de produção do queijo de minas artesanal produzido na região, contribuindo, talvez, para o desenvolvimento de características sensoriais do produto.