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A PCR depende da habilidade de desnaturar alternadamente moléculas de DNA de fita dupla e hibridizar fitas simples complementares de modo controlado. Para organismos nos quais todo o genoma, ou a maioria dele, tenha sido sequenciado, a amplificação por PCR, começando com DNA genômico total, tende a ser a maneira mais fácil de se obter uma região específica do DNA de interesse para clonagem