A locomoção desses protozoários ocorre por batimento de um ou mais flagelos, relativamente compridos e com forma de chicote. Os flagelos também ajudam na captura de alimento e na recepção de estímulos ambientais; alguns flagelados também podem apresentar pseudópodes.Choanoflagellina
. Rhizomastigina
. Protomonadina
. Retortamonadina
. Diplomonadina
. Oxymonadina
Trichomonadina