Acusados cumprem pena domiciliar e regime semiaberto. Darly Alves da Silva se entregou por intermédio de seu advogado. A culpa do crime recaiu sobre seu filho, Darci Alves da Ferreira.
Após o homicídio, organizações sindicais, religiosas, políticas, de direitos humanos e ambientalistas formaram o Comitê Chico Mendes para cobrar por justiça. Em dezembro de 1990, aconteceu o julgamento de pai e filho - Darly Alves da Silva e Darcy Alves Ferreira. A defesa tentou argumentar que “Darci, o filho de Darly, matou Chico Mendes coagido pelo ambiente de procura ao pai, por causa da pressão à qual o mesmo estava exposto”, de acordo com o juiz.
Silva foi condenado como mandante e Ferreira, como autor do crime. Sentenciados a 19 anos de prisão, fugiram em 1993. Silva se escondeu em um assentamento do Incra em Medicilândia, no Pará. Ele chegou a conseguir financiamento público no Banco da Amazônia usando outro nome.
Em 1996, os dois foram detidos novamente. Três anos depois, Silva conquistou o direito de cumprir sua pena em prisão domiciliar, e Ferreira, em regime semiaberto no presídio da Papuda, em Brasília.
