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Os medicamentos sintéticos, embora eficazes, apresentam algumas desvantagens. Primeiramente, podem causar efeitos colaterais indesejados, variando de leves a graves. Além disso, o uso prolongado pode levar à resistência medicamentosa, especialmente em antibióticos. Alguns indivíduos podem ter reações alérgicas aos componentes sintéticos. Os custos de desenvolvimento e produção são altos, refletindo-se no preço ao consumidor. Há também preocupações ambientais relacionadas à fabricação e descarte desses medicamentos. Por fim, a dependência dos medicamentos sintéticos pode levar à supermedicação e à negligência de alternativas naturais ou preventivas.